Con 174 voti il Consigliere federale diventa presidente della Confederazione elvetica per il 2004. 57 anni, in governo dal 1999, il PPD friburghese ha dapprima diretto il Dipartimento federale degli affari esteri. Ora è ministro dell'economia. Vicepresidente è stato eletto l'UDC Samuel Schmid, con 143 voti.

Il suo maggiore successo consiste nell’avere portato a buon fine l’entrata della Svizzera all’ONU. Tuttavia anche per Joseph Deiss non sono mancate le note stonate. Alcuni gli hanno rimproverato di avere gestito male la vicenda del controverso ambasciatore di Svizzera a Berlino, Thomas Borer.

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